Benteng Otanaha didirikan sebagai benteng pertahanan, benteng ini dibangun oleh Raja Ilato pada tahun 1522 Masehi. Dengan prakarsa pemimpin-pemimpin kapal Portugis yang berhenti di pelabuhan Gorontalo. Benteng yang terbuat dari pasir, batu kapur dan telur Burung Maleo ini sangat kuat meskipun semennya terbuat dari telur.

Terdapat cerita tentang Benteng Otanaha ini, dulu kala Raja Ilato mempunyai 3 orang anak, 2 orang putri dan 1 orang putra yang bernama Ndoba, Naha dan Tiliaya. Pada saat usianya menginjak remaja, Naha pergi ke negeri seberang untuk merantau, dan kedua saudara perempuan yang lainnya tetap tinggal di Kerajaan Gorontalo. Pada tahun 1585, Naha berniat kembali ke Gorontalo dan mempersunting Ohihiya. Singkat cerita, mereka dikaruniai 2 orang anak, Paha dan Limonu. Suatu hari terjadilah perang dengan Hemuto, pemimpin transmigran. Naha dan Paha pun akhirnya tewas dalam peperangan tersebut. Limonu yang tidak terima atas kematian kakak dan ayahnya pun menuntut balas.

Untuk mengenang perjuangan mereka dalam perang melawan Hemuto, maka dari itu benteng tersebut diberi nama benteng Ulupahu, benteng Otahiya dan benteng Otanaha. Di dalam perkembangannya, benteng tersebut lebih populer dengan sebutan Benteng Otanaha.